亚洲视频一区调教,这里只有精品国产

全基因組組裝工作是生物信息領域最基礎也是最難的課題之一。長久以來，這項工作的實現(xiàn)需要耗用極大量計算機內(nèi)存。曾在我園動植物關系研究組工作的葉承羲（現(xiàn)今馬里蘭大學計算機系計算生物方向的博士研究生）在我園工作期間內(nèi)，提出一新穎簡潔的算法解決了這一難題。該工作已發(fā)表在在BMC Bioinformatics雜志，2012年4月葉承羲在生物信息大會Recomb-seq國際會議上報告了該成果，其方法實現(xiàn)的高效性和組裝結果的高質(zhì)量，獲得與會專家的一致肯定。

葉承羲在他的全基因組裝工作中提出的一種新穎的稀疏k-mer圖結構，該結構是葉承羲針對目前生物信息領域廣泛采用的de Bruijn圖的稀疏的改進。相對de Bruijn圖，稀疏k-mer圖略去了以往儲存在de Bruijn圖中的絕大多數(shù)冗余信息，節(jié)省了90-95%的計算資源，同時達到更好的效果。這項技術有望將以往僅僅能在超級計算機上進行的人類基因組組裝任務在個人計算機上就能完成。該文方法目前已經(jīng)在美國馬里蘭大學生物信息與計算生物學中心被實現(xiàn)為一個新的組裝軟件SparseAssembler。

　該文章摘要可見于http://www.biomedcentral.com/1471-2105/13/S6/S1/abstract

本文作者：葉承羲

責任編輯：劉光裕_151c53

附件：