蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域基因序列分析揭示榕樹(shù)蒸騰中LRR基因相關(guān)結(jié)構(gòu)域的調(diào)控功能
該項(xiàng)研究由版納植物園生態(tài)進(jìn)化研究組郎天戈副研究員與植物生理生態(tài)研究組以及北京林業(yè)大學(xué)的一個(gè)研究組共同完成，利用蛋白域的基因序列揭示了LRR基因結(jié)構(gòu)域在榕樹(shù)蒸騰過(guò)程中的調(diào)控功能。
該研究以版納植物園的榕樹(shù)基因組數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，用生物信息學(xué)的方法建立了LRR蛋白域預(yù)測(cè)的軟件流程，并找到了該蛋白域數(shù)量多少與榕樹(shù)吸水能力的相關(guān)關(guān)系。預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)域在用于理解分子水平上的蛋白質(zhì)功能在是必不可少的。然而，到目前為止，對(duì)于一個(gè)沒(méi)有參考基因組序列的物種來(lái)說(shuō)，一直沒(méi)有一個(gè)直截了當(dāng)?shù)姆椒āＴ谶@項(xiàng)研究中，作者開(kāi)發(fā)了一套可以在沒(méi)有參考基因組情況下直接從基因組序列數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域功能的程序流程。整個(gè)相關(guān)流程包括全基因組序列數(shù)技術(shù)，二代測(cè)序（NGS）的裝配技術(shù)，肽預(yù)測(cè)方法，以及蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)方法。作者發(fā)現(xiàn)，在榕樹(shù)中，植物蒸騰效率與LRRNT_2和LRR_8蛋白域是相關(guān)的，這個(gè)結(jié)果可以通過(guò)氣孔指數(shù)顯示出來(lái)。該項(xiàng)研究建立的程序流程提供了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的預(yù)測(cè)，這在大批量數(shù)據(jù)時(shí)代將有著廣泛的應(yīng)用。
相關(guān)研究成果以Protein Domain Analysis of Genomic Sequence Data Reveals Regulation of LRR Related Domains in Plant Transpiration in Ficus為題發(fā)表在PLoS ONE雜志上。
榕樹(shù)氣孔指數(shù)與LRR不同蛋白域的關(guān)系
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