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      版納植物園生物信息數(shù)據(jù)分析工作站投入運行

      發(fā)布時間:2015-01-14
      來源:

        為進一步完善版納植物園二代高通量測序平臺,滿足大量測序數(shù)據(jù)的處理分析,版納植物園公共技術服務中心通過2014修購專項購置了一套適合版納植物園現(xiàn)階段的生物信息數(shù)據(jù)分析工作站(小型高性能計算機群)。它不僅能為生態(tài)學相關數(shù)學模型的建立提供操作平臺,而且對生物信息學相關數(shù)據(jù)的比對、拼接和分析等提供硬件支持,填補我園信息化評估超算項的空白。  

          2014121日至20151月12日,公共技術服務中心的工作人員協(xié)同儀器工程師對該工作站進行開箱、安裝、調(diào)試、培訓、驗收和試運行。  

        此次安裝的數(shù)據(jù)分析工作站為惠普Proliant系列高性能計算機集群系統(tǒng),總體峰值計算能力5.4萬億次,實測linpack效率達到97%;計算部分由8HP刀片服務器(配置2E5-2670 10核處理器)和2HP大內(nèi)存服務器(配置1.514TB內(nèi)存和4intel xeon E7-4870 15核處理器)組成;管理部分為5臺機架式服務器;計算網(wǎng)采用56Gbps infiniband高速互連,并通過3IO節(jié)點連接到100T的并行存儲;管理網(wǎng)絡采用千兆以太網(wǎng)。在網(wǎng)絡安全方面,架設了硬件防火墻,外網(wǎng)通過VPN方式訪問。存儲部分采用HP MSA 2040雙控制器模塊化存儲陣列讀寫存儲。為保證數(shù)據(jù)存儲安全,采用了RAID5磁盤陣列技術、熱備份和冷備份三保險。系統(tǒng)除了安裝部署ParaPlus機群管理軟件、Redhat Linux6.5企業(yè)版操作系統(tǒng)、作業(yè)管理系統(tǒng)LSF之外,也安裝調(diào)試了生物相關串行、并行數(shù)據(jù)分析應用軟件,如bowtie(序列比對),bwa(序列比對),clustalw-mpi(多序列比對),crop(聚類分析),mpiblast(并行比對),R(支持包),SOAPdenovo2(組裝),stacks(重測序),Trinity(轉錄組velvet(組裝)等。  

        在安裝調(diào)試期間,儀器工程師對儀器主要管理人員進行儀器操作和維護培訓,對園內(nèi)課題組相關研究人員進行軟件操作培訓。  

        儀器安裝調(diào)試完成之后,版納園修購工作組先后組織2次驗收:(1修購工作組組織園內(nèi)外的技術專家(昆明植物所、昆明動物所)11人組成了專家組,召開設備驗收小組第1次驗收會議,對生物信息數(shù)據(jù)分析工作站采購項目(計算部分)進行技術驗收;科技外事處在現(xiàn)場對整套設備進行軟硬件設備查驗,審閱核實了有關材料,測試了系統(tǒng)性能指標,經(jīng)提問、答疑和討論后,通過了計算部分的驗收;(2精密空調(diào)安裝完成,驗收小組進行第2次驗收,對采購項目進行整體驗收。2次驗收均順利通過。  

        目前,該工作站已進入面向全園進行儀器運行的試運行階段,有5個課題組參與測試。滿足了我園大量測序數(shù)據(jù)的處理分析。該工作站的安裝和運行將為我園未來建設集數(shù)據(jù)服務積累經(jīng)驗。   

        生物信息數(shù)據(jù)分析工作站 

        儀器驗收系統(tǒng)性能指標測試 

        工程師對儀器管理人員問題解答 

        工程師對儀器管理人員及用戶進行培訓 

      本文作者:曹力

      責任編輯:楊君_151c53
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