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　　隨著測序變得越來越普遍越來越便宜，很多科研人員都開始嘗試測一測自己關心的物種的基因組。對于生態(tài)學家來講，關心的物種千奇百怪，且多是前人沒有測過的，相當于沒有一個模版。測出來的數(shù)據(jù)長則幾百，短則幾十，零碎的不行，在沒有模版的情況下很難組裝成一個完整的基因組，便也難起大的作用。 

　　針對現(xiàn)階段測序技術(shù)測出來的片段較短，已組裝成型的基因組較少的現(xiàn)狀，版納植物園動植物關系組的博士研究生范歡在導師Tony Ives, YannSurget-Groba和Chuck Cannon的指導下，開發(fā)了名為Alignment and assembly-free （AAF）的軟件包，用于直接分析測序儀上下來的原始數(shù)據(jù)，不經(jīng)組裝和比對，通過原始序列里短序列的相似度計算基因組之間的遺傳距離，然后用以構(gòu)建進化樹。之前也有很多不經(jīng)比對或者同時不經(jīng)組裝就構(gòu)建進化樹的方法，AAF最大的優(yōu)勢在于它并行處理大規(guī)模數(shù)據(jù)的能力。處理人類基因組大小的基因組產(chǎn)生的測序數(shù)據(jù)亦不在話下。同時它還擁有修復測序錯誤和計算bootstrap值的功能，是一款實實在在為用戶考慮的軟件。 

　　該研究已以An assembly and alignment-free method of phylogeny reconstruction from next-generation sequencing data為題發(fā)表在BMC Genomics上，發(fā)表后被標為“Highly accessed”文章。該軟件可于以下網(wǎng)址免費下載。軟件包中含有使用手冊和測試數(shù)據(jù)。該軟件除用于全基因組測序數(shù)據(jù)外，也可用于其他類型的下一代測序數(shù)據(jù)例如RAD-seq. 針對RAD-seq的軟件包尚未發(fā)表，如有需要請聯(lián)系fh@xtbg.org.cn 

      AAF下載地址：https://sourceforge.net/projects/aaf-phylogeny

用AAF處理靈長類基因組數(shù)據(jù)后得到的進化樹，未標注的節(jié)點表明100%的支持率。