應(yīng)用DNA metabarcoding技術(shù)研究熱帶地區(qū)節(jié)肢動(dòng)物的多樣性和物種組成對不同土地利用方式的響應(yīng)
由于人為的壓力,地球生態(tài)系統(tǒng)在過去的幾十年間遭遇到前所未有的嚴(yán)重且快速的改變。全球氣候變化,生物多樣性減少,生物入侵等問題,構(gòu)成了我們現(xiàn)在所要面對的巨大的環(huán)境挑戰(zhàn)。面對大量且持續(xù)不斷的環(huán)境退化問題,我們急需一些快速高效的方法以量化和監(jiān)測當(dāng)下時(shí)空里的生物多樣性。
版納植物園群落生態(tài)與保護(hù)研究組的博士研究生Kingsly Chuo Beng在Kyle W.Tomlinson研究員的指導(dǎo)下,應(yīng)用DNA metabarcoding技術(shù)研究了西雙版納35對森林VS人工林(橡膠林或茶園)樣地的落葉層中的節(jié)肢動(dòng)物的多樣性和物種組成。在該項(xiàng)研究中,使用一對新的引物組合以及MiSeq測序平臺(tái)對來自模擬的和真實(shí)的群落中不同節(jié)肢動(dòng)物的CO1基因進(jìn)行擴(kuò)增和測序。在相似度大于等于97%的基礎(chǔ)上,將測序所得的序列過濾聚類至3624個(gè)分類單元(MOTU),并且預(yù)測每一個(gè)分類單元。分析比較森林和人工林中節(jié)肢動(dòng)物的多樣性和物種組成。通過對6個(gè)已知組成的模擬群落進(jìn)行silico測序,獲得~100%的檢測率。研究結(jié)果表明,森林、橡膠林和茶園中具有明顯不同的節(jié)肢動(dòng)物群落聚類。森林與人工林中的節(jié)肢動(dòng)物的α多樣性有顯著性差異,且橡膠林比茶園擁有更多的節(jié)肢動(dòng)物群落,但在茶園中直翅目昆蟲呈顯著性增長。森林中節(jié)肢動(dòng)物的流通量高于人工林,但是流通模式依群落結(jié)構(gòu)而異。因此,DNA metabarcoding技術(shù)可以有效地研究比較熱帶地區(qū)不同土地利用方式下的節(jié)肢動(dòng)物的多樣性。
相關(guān)研究以The utility of DNA metabarcoding for studying the response of arthropod diversity and composition to land-use change in the tropics為題,發(fā)表在國際學(xué)術(shù)期刊Scientific Reports上。
森林與人工林中落葉層節(jié)肢動(dòng)物群落組成的NMDS分析結(jié)果圖